Beh rispetto a stages per forza legge di meno, se davvero sei sbilanciato.
Rispetto agli altri effettivamente è strano, se prima ti leggeva uguale... hai provato a fare il confronto su un tratto di qualche minuto in soglia (e non su tutto il giro)?
Comunque per toglierti il dubbio fai il controllo della coppia statica, prendi un peso da circa 10kg e appendilo ai pedali, come da pagina 16 del pdf:
http://www.bepro-favero.com/manuals/0259-0980 Troubleshooting bePRO.pdf
Se conosci la massa esatta del peso che stai usando puoi poi correggere la lettura, se non lo conosci almeno puoi capire se i pedali leggono uguale.
Se leggono uguale vuol dire che ti sei sbilanciato davvero.. cosa che è effettivamente possibile visto che i valori di bilanciamento dei tuoi altri pm sono stimati e non misurati.